パソコンの動きが遅い（重い）現象はいろいろ原因があり、GOOGLEで検索してもいろいろでてきます。質問箱関係のところに相談する人もけっこういますが、たいがい「条件をきちんと書かないとアドバイスできない」とか「リカバリするのが早道です」などという回答が必ずついてくる印象です。
マコも質問はしなかったけど、同様の質問を書いた人の葛藤はよくわかります。代弁するとこういうことでしょうね。
→条件をきちんと書け
（`Д´#）「原因がわからないからここまでしか書けないんだろうに…。核心をつくような条件が書けるなら解決策はとっくに出てるわ！」
→リカバリした方が早い
（`Д´#）「病気を治したがってる人に、早く死んだ方が早い…っていうようなものよ。それをすれば治るのは当然知ってるけど、それができないから困ってるんじゃないの！」
内心で不満を持ちつつも、相談に返信書いてくれた人にお礼を述べなきゃいけないやるせなさ…。マコも参考にさせていただきましたがご愁傷様です。
さて、たまたまマコが症状を改善できた事例があるのでご紹介しますが、こういう質問者さんが求めている回答ってこんな感じなんじゃないかな。症状もいろいろあるから、自分のＰＣと合致している人は試してみるといいかも（自己責任でね）。
（解消事例）
Ｃドライブのプロパティからツール→エラーチェック→不良セクタをスキャンし回復する、を選んで実行してみましょう。やってみた感じではファイルやアプリが消えたり動かなくなったりしていませんし、システムの復元みたいに元に戻せなくなるようなケースはなさそうです。
（症状の事例）
マコのPCで発生した不具合の状態はこんな感じです。
（１）WIndows７を起動する時に異常に待たされます（砂時計のまま）。
（２）画面のアイコンがただの紙のマークのままで正常になるまで数分かかります。
（３）アイコンをダブルクリックしても開くまでに時間がかかり、しつこくダブルクリックするとあとでまとめてゴッソリ開きます。
（４）CTRL+ALT+DELを押してもタスクマネージャーが開きません。しつこく押すとあとでまとめてゴッソリ開きます。
（５）タスクマネージャーが開き、遅さを感じている時点でもリソースメーターには何も動いていない（System Idle Processが99%）表示になっています。CPU時間にもそんなに時間を割いた履歴はありません。
（６）待たされている間に少しずつ待たされている動作が進みますが、動作はすべて中途半端で、たとえばフォルダを開いてもウインドウだけ開いて中身が真っ白のままがしばらく続き、閉じるを押しても「応答なし」の文字が出ます。
（７）開いているウインドウのタスクバー（青い部分）をクリックしてもすぐには反応しません。数十秒遅れて反応します。
（８）ＩＥなどの場合、メニューを開いてもなかなかメニューが出てこない、出てきてもクリックしても反応がありません。
（９）アプリなどの場合、保存しようとしている時にもまれに起こり、アプリが白みががった画面になって「応答なし」の状態になってしまいます。（まれにあきらめずに数十分待つと保存可能になることがあります）
（１０）質問箱で回答者が詳細に書けとよく指摘していますが、この状態に陥る時のメモリ領域の広さやリソースの空きは関係ありません。買った時から遅かったわけじゃなく、「起動時」に起こるのですから。
（１１）ウイルスの影響でもなさそうです。ウイルスチェックもデフラグも済の状態で発症します。逆にウイルス対策ソフトやWindowsUPDATEを一時停止しても症状に変化ありませんでした。
（１２）30分くらいすると、あるいは再起動して運が良ければ比較的早く正常に動作します。
（１３）ファイル検索の「msconfig」で使用するサービスを絞っても変化ありませんでした。また、Cドライブなどのプロパティにある「このドライブを圧縮してディスク領域を空ける」や「プロパティだけでなくコンテンツにもインデックスを付ける」のチェックも外して試したけどだめでした。
（１４）ハードディスクのアクセスランプは正常なアクセス時の点灯と同じで、ハードディスクの故障ではなさそうです。
（症状の原因の推察）
リソースメーターに原因が表示されないということは、ウイルスや何かのアプリが邪魔している可能性は低いと思いました（上記5,11,13からも想像できます）。アイコンの表示やタスクマネージャの起動が遅いところから考えるとウインドウズの基本的な部分がおかしいということでしょう。
また、質問箱の回答の中に、何らかの処理をしている最中なので待てばいずれ治る（邪魔してはいけない）というものもありましたが、症状を実感した者としてはそんなレベルではありません。
症状は良い時と悪い時があり、ソフト的な変動があるので物理的なハードディスクの故障ではないようでした。ただ、ディスク内の「不良セクタ」の可能性はあるかな…という疑問は残っていました。
そこで不良セクタの有無をチェックしようということにしました。詳しい仕組みはわかりませんが、イメージとしてはディスク面に傷がついて、ある記憶領域だけ使用不能になった機械に、その部分は一切使用せず触るなよ！と教え込ませるようなものかな、というような理解をしています。
あるいは、システムプログラム内で「リンク切れ」や、ファイルの欠損を起こしているのかもしれない、というのも想像されました。そこで不良セクタのスキャンと同時に「ファイルシステムエラーを自動的に修復する」にもチェック入れます。
早速「開始」を押しますが、Ｃドライブは今まさに動いているシステムの中身ですからパソコンとしても準備がいるようで、再起動時に検査を行うようなメッセージが出てきます。
再起動すると真っ黒な画面に白文字の英語で、まるでセーフモードやブルーバックの起動時みたいな画面になりました。特に何も入力するようなことはなく、黙って見ていればどんどん進みます。よくよく見ていると「Windows replaced bad clusters in **** of name ****」というようなメッセージが混ざっており、「ウインドウズが****に****というファイルの不具合を修復した」という意味っぽいので、なんかうまくいってるような感じでした。
2時間くらいするとチェックが終わり、自動的に再起動しました。ビックリするほどサクサク動くようになりました！まだやってみて1日目なので再び症状が出る可能性もありますが、少なくとも複数考えられる原因のひとつを潰せたようです。
正確な理由はわかりませんが、メッセージの意味からすると、起動に必要なシステムファイルに何らかの原因で欠損が発生して毎回起動時にそこでシステムが一時停止し、ウィンドウズが時間切れと判定するまでずっとエラー回復処理を毎回やってた…というところでしょうか。ファイルの欠損って、電気ショックとか、強制電源OFFとか、物理的な衝撃とか、そういうことで起こりそうなイメージですが、今回のチェックで6個も出てきました。
（症状の事例）
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